The Doctor Organic Zone

Analisis Pembentukan Struktur Sekunder dan Tersier pada Protein STRUKTUR SEKUNDER Struktur sekunder menggambarkan konformasi berulang yang diasumsikan oleh segmen rantai tulang punggung polipeptida atau protein. Dengan kata lain, struktur sekunder menggambarkan bagaimana segmen tulang punggung melipat. Tiga faktor menentukan struktur sekunder dari segmen protein: §   Planaritas regional tentang setiap ikatan peptida (sebagai akibat dari karakter ikatan ganda parsial dari ikatan amida), yang membatasi kemungkinan konformasi dari rantai peptida. §    M eminimalkan energi dengan memaksimalkan jumlah ikatan hidrogen antara kelompok peptida (yaitu, ikatan hidrogen antara karbonil oksigen dari satu asam amino dan hidrogen amida yang lain). §   Kebutuhan untuk pemisahan yang cukup antara kelompok R berdekatan untuk menghindari ketegangan sterik dan tolakan muatan suka α -Helix (Spiral) Salah satu jenis struktur sekunder adalah α -helix. Dalam α -helix, tulang punggung

Reaksi-reaksi Spesifik pada Nukleotida Nukleotida adalah nukleosida dengan gugus OH dari gula yang terikat dalam kaitan ester dengan asam fosfat. Nukleotida RNA lebih tepat disebut ribonukleotida, dan DNA disebut deoksiribonukleotida. Nama-nama dasar dalam nukleotida adalah sama dengan nukleosida. Basa Ribonukleosida Deoksiribonukelosida Ribonukleotida Deoksiribonukleotida Adenin Adenosin 2’-deoksiadenosin Adenosin 5’-fosfat 2’-deoksiadenosin 5’-fosfat Guanin Guanosin 2’-deoksiguanosin Guanosin 5’-fosfat 2’-deoksiguanosin  5’-fosfat Sitosin Sitidin 2’-deoksisitidin Sitidin 5’-fosfat 2’-deoksisitidin 5’-fosfat Timin - Timidin - Timidin 5’-fosfat Urasil Uridin - Uridin 5’-fosfat - Karena asam fosfat dapat membentuk anhidrida, nukleotida dapat ada sebagai monofosfat, difosfat, dan trifosfat. Mereka diberi

Penentuan Stereokimia pada Monosakarida Konfigurasi dari Aldosa Aldotetrosa memiliki dua pusat asimetris. Oleh karena itu, empat stereoisomer. Dua dari stereoisomer adalah D-gula dan dua lainnya adalah L-gula. Nama-nama aldotetrosa eritrosa dan treosa digunakan untuk nama eritro dan treo pasang enantiomer yang dijelaskan dalam gambar berikut. Aldopentosa memiliki tiga pusat asimetris, 8 stereoisomer (empat pasang enantiomer); aldoheksosa memiliki empat pusat asimetris, dan 16 stereoisomer (delapan pasang enantiomer). Struktur dari empat D-aldopentosa dan delapan D-aldoheksosa ditunjukkan pada tabel berikut. Tabel konfigurasi dari D-aldosa Monosakarida yang berbeda dalam konfigurasi hanya pada satu pusat asimetris disebut epimers. Misalnya, D-ribosa dan D-arabinosa adalah epimers C-2, karena mereka berbeda dalam konfigurasi hanya pada C-2, D-idosa dan D-talosa adalah epimers C-3. Epimer adalah jenis diastereomer tertentu. (Ingat bahwa diastereomer adalah stereoisomer ya

Reaksi-Reaksi Spesifik pada Protein Asam amino adalah sembarang senyawa organik yang memiliki gugus fungsion alkarboksil (-COOH) dan amina (biasanya -NH2). Dalam biokimia seringkali pengertiannya dipersempit: keduanya terikat pada satu atom karbon (C) yang sama (disebut atom C "alfa" atau α). Gugus karboksil memberikan sifat asam dan gugus amina memberikan sifat basa. Dalam bentuk larutan, asam amino bersifat amfoterik: cenderung menjadi asam pada larutan basa dan menjadi basa pada larutan asam. Perilaku ini terjadi karena asam amino mampu menjadi zwitter-ion. Asam amino termasuk golongan senyawa yang paling banyak dipelajari karena salah satu fungsinya sangat penting dalam organisme, yaitu sebagai penyusun protein. Protein merupakan polimer yang tersusun dari asam amino sebagai monomernya. Monomer-monomer ini tersambung dengan ikatan peptida, yang mengikat gugus karboksil milik satu monomer dengan gugus amina milik monomer di sebelahnya. Reaksi penyambungan ini (disebu